pphlCounterのソースを見させていただいた限りでは、著しいパフォーマンス低下は起きなさそうですよね・・・。

強いて可能性をあげるとすれば、showhits.phpに表示するカウンターの回数だけネットワークアクセス（file()）している部分でしょうか？

私の利用しているレンタルサーバーでたまたま、httpの接続すう制限にぶつかってしまっていたとかの可能性もあるかもしれません。

また、 PHPのマニュアル のコメントには、
引用：
とかあるのも多少気になりますが・・・。