始めまして、syuheiです。

セパハンの影響かを確認するために、メンドクサイと思いますが、
ノーマルハンドルに戻しては確認されてはどうでしょうか？

戻して違和感が無ければ、セパハンにした事による感覚的な物だと思います。

もし、ノーマルに戻しても違和感があるなら一度、バイク屋さんに見てもらうのが良いと思います。