マフラーにもよりますが、パイロットスクリュの調整でマシになると思います。
ただ、パイロットスクリュのネジはD型なので専用の工具が必要です。
デイトナの物は長すぎてそのままでは使えません。
キャブを外すか、ドライバを切るしかないです。
まだ在庫があるかわかりませんが、CL400のパイロットスクリュに交換すれば普通のマイナスドライバで回せます。

CL400純正パイロットスクリュ
品番：16016-MY6-750／スクリューセット

K&Nのリプレイスメントフィルターは、おそらく純正のフィルタと交換するタイプだと思います。
セル付き車はバッテリの容量が大きいのでエアクリボックスの形状が変わっています。
実物を見たことがないのでわかりませんが、おそらくバッテリを固定する部分の窪みが大きいため、フィルタが短くなっているのではないかと思います。
よってセル無とセル付のフィルタには互換性はないと思います。

吸気効率が良くなるかはわかりませんが、エアクリボックスから出ているゴムでできたファンネルのようなものがありますよね？
それの吸気口を見てみると、穴が４つあると思います。
内側の穴２つはプラスチックの蓋なので、引っ張れば抜けます。
これで吸気口の面積2倍！！
ただ、これをするとアフターファイアが酷くなった気がしました。
何のために着いているのか分からないため、外さない方がいいかもしれません。